Membrány - lipidové dvojrstvy

Asymetrická smíšená membrána - POPC+PSM / POPS+POPE

Systém je bliže popsán v našem článku
Konfigurační soubor pro NaK systém po 260ns GRO
Soubor s topologii a zazipované pomocné soubory TOP, ITPs

Konfigurační soubor pro NaK-NaK systém po 260ns GRO
Soubor s topologii a zazipované pomocné soubory TOP, ITPs


DOPC - Dioleoylphosphatidylcholine

72 DOPC lipidů a 2727 vod, více najdete v našem článku

Konfigurační soubor po 100ns GRO, PDB
Soubor s topologií - parametry TOP

Konfigurační soubor pro DOPC v roztoku 1M NaCl po 200ns GRO
Konfigurační soubor pro DOPC v roztoku 1M NaBr po 280ns GRO
Konfigurační soubor pro DOPC v roztoku 1M NaI po 200ns GRO
Konfigurační soubor pro DOPC v roztoku 1M CsCl po 200ns GRO


Kyselost vodních povrchů

Forcefield
H3O+    ITP,       OH-    ITP,       Kationty    ITP,      Anionty    ITP,       Decan    TOP      

  • Voda / vzduch
    Konfigurační soubor pro 723 vod a jeden pár H3O+ a Cl- po 20ns GRO
    Konfigurační soubor pro 1574 vod a jeden pár H3O+ a Cl- po 20ns GRO
    Konfigurační soubor pro 723 vod a jeden pár OH- a Na+ po 20ns GRO
    Konfigurační soubor pro 1574 vod a jeden pár OH- a Na+ po 20ns GRO

  • Voda / uspořádaný decan
    Konfigurační soubor pro 723 vod, 64 decanů a jeden pár H3O+ a Cl- po 20ns GRO
    Konfigurační soubor pro 723 vod, 64 decanů a jeden pár OH- a Na+ po 20ns GRO

  • Voda / neuspořádaný decan
    Konfigurační soubor pro 723 vod, 64 decanů a jeden pár H3O+ a Cl- po 20ns GRO
    Konfigurační soubor pro 723 vod, 64 decanů a jeden pár OH- a Na+ po 20ns GRO

  • Voda / tuhá stěna
    Konfigurační soubor pro 1960 vod, 836 uhlíků a jeden pár H3O+ a Cl- po 20ns GRO
    Konfigurační soubor pro 1960 vod, 836 uhlíků a jeden pár OH- a Na+ po 20ns GRO


    HIV 1 Protease

    1 HIV protease z našeho článku

    Konfigurační soubor1 GRO
    Konfigurační soubor2 GRO
    Soubor s topologii a zazipované pomocné soubory TOP, ZIP



    Polycyklické aromatické uhlovodíky

    Více popsány v tomto článku
    Benzén GRO, TOP
    Naftalén GRO, TOP
    Antracén TOP, TOP
    Fenantrén TOP, TOP



    Old download

  • Záverecná práce (pouze anglicky) mého studijního pobytu v americe na Kansas State university jsem spolupracoval na výzkumném projektu Itzika Ben-Itzhaka, zamerenému na disociaci molekul zpusobenou srážkou s ionty.

  • Studentský projekt o studiu absorbce nanokrystalu CdS a CdSe vypracovany spolu s Danielem Sprinzlem pod vedením Dr. Petra Němce, Ph.D. na katedre chemické fyziky a optiky MFF UK

  • CVC v 1.0 na tlesknutí prepne na další písnicku ve winampu 3.0 nebo rozsvítí a zhasne svetlo pripojené k pocítaci.

  • Muj první zápocták je komplexní kalkulacka

  • O neco dríve jsem udelal hru piškvorky

    		•