[ defaults ] ;nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ 1 2 yes 0.5 0.833333 [ atomtypes ] ; name mass charge ptype sigma epsilon ca 12.0100 0.06064 A 3.399676e-01 3.598240e-01 ; 1.91 0.0860 ha 1.0080 0.15698 A 2.599647e-01 6.276000e-02 ; 1.46 0.0150 W 1500.0000 -0.0000 A 0.000000 0.0000000000 ; SPCE water OW 16.0000 -0.8476 A 0.3166224 0.6501936 HW 1.0000 0.4238 A 0.00000E+00 0.00000E+00 ; SPC/E water (for use with GROMACS general.itp) ; [ moleculetype ] ; molname nrexcl SOL 1 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass 1 OW 1 SOL OW 1 -0.8476 2 HW 1 SOL HW1 1 0.4238 3 HW 1 SOL HW2 1 0.4238 [ settles ] ; OW funct doh dhh 1 1 0.1 0.16333 [ exclusions ] 1 2 3 2 1 3 3 1 2 #include "posre1.itp" [ moleculetype ] ; name nrexcl phe 3 [ atoms ] ; nr type resnr residu atom cgnr charge mass 1 ca 1 phe C2 1 0.08793 12.01000 2 ca 1 phe C1 2 -0.34735 12.01000 3 ha 1 phe H10 3 0.22762 1.00800 4 ca 1 phe C6 4 -0.17136 12.01000 5 ha 1 phe H8 5 0.19336 1.00800 6 ca 1 phe C5 6 -0.19523 12.01000 7 ha 1 phe H7 7 0.20056 1.00800 8 ca 1 phe C4 8 -0.32376 12.01000 9 ha 1 phe H9 9 0.21060 1.00800 10 ca 1 phe C3 10 0.23944 12.01000 11 ca 1 phe C10 11 -0.35625 12.01000 12 ha 1 phe H6 12 0.23444 1.00800 13 ca 1 phe C9 13 -0.35625 12.01000 14 ha 1 phe H5 14 0.23444 1.00800 15 ca 1 phe C8 15 0.23944 12.01000 16 ca 1 phe C7 16 0.08793 12.01000 17 ca 1 phe C14 17 -0.34735 12.01000 18 ha 1 phe H1 18 0.22762 1.00800 19 ca 1 phe C13 19 -0.17136 12.01000 20 ha 1 phe H2 20 0.19336 1.00800 21 ca 1 phe C12 21 -0.19523 12.01000 22 ha 1 phe H3 22 0.20056 1.00800 23 ca 1 phe C11 23 -0.32376 12.01000 24 ha 1 phe H4 24 0.21060 1.00800 [ bonds ] ; ai aj funct b0 kb 1 2 1 0.13870 400325. ;C2 -C1 1 10 1 0.13870 400325. ;C2 -C3 1 16 1 0.13870 400325. ;C2 -C7 2 4 1 0.13870 400325. ;C1 -C6 4 6 1 0.13870 400325. ;C6 -C5 6 8 1 0.13870 400325. ;C5 -C4 8 10 1 0.13870 400325. ;C4 -C3 10 11 1 0.13870 400325. ;C3 -C10 11 13 1 0.13870 400325. ;C10 -C9 13 15 1 0.13870 400325. ;C9 -C8 15 16 1 0.13870 400325. ;C8 -C7 15 23 1 0.13870 400325. ;C8 -C11 16 17 1 0.13870 400325. ;C7 -C14 17 19 1 0.13870 400325. ;C14 -C13 19 21 1 0.13870 400325. ;C13 -C12 21 23 1 0.13870 400325. ;C12 -C11 2 3 1 0.10870 288110. ;C1 -H10 4 5 1 0.10870 288110. ;C6 -H8 6 7 1 0.10870 288110. ;C5 -H7 8 9 1 0.10870 288110. ;C4 -H9 11 12 1 0.10870 288110. ;C10 -H6 13 14 1 0.10870 288110. ;C9 -H5 17 18 1 0.10870 288110. ;C14 -H1 19 20 1 0.10870 288110. ;C13 -H2 21 22 1 0.10870 288110. ;C12 -H3 23 24 1 0.10870 288110. ;C11 -H4 [ pairs ] 1 6 1 1 13 1 1 23 1 1 19 1 2 8 1 2 11 1 2 15 1 2 17 1 10 4 1 16 4 1 6 11 1 8 13 1 16 8 1 10 15 1 10 17 1 16 11 1 11 23 1 13 17 1 13 21 1 15 19 1 16 21 1 17 23 1 1 5 1 1 9 1 1 12 1 1 18 1 2 7 1 10 3 1 16 3 1 3 5 1 3 6 1 4 9 1 5 7 1 5 8 1 7 9 1 7 10 1 8 12 1 9 11 1 10 14 1 12 14 1 12 15 1 13 24 1 14 16 1 14 23 1 15 18 1 15 22 1 16 24 1 16 20 1 17 22 1 18 20 1 18 21 1 19 24 1 20 22 1 20 23 1 22 24 1 [ angles ] ; ai aj ak funct th0 cth 1 2 4 1 119.970 562.3296 ;C2 -C1 -C6 1 10 8 1 119.970 562.3296 ;C2 -C3 -C4 1 10 11 1 119.970 562.3296 ;C2 -C3 -C10 1 16 15 1 119.970 562.3296 ;C2 -C7 -C8 1 16 17 1 119.970 562.3296 ;C2 -C7 -C14 2 1 10 1 119.970 562.3296 ;C1 -C2 -C3 2 1 16 1 119.970 562.3296 ;C1 -C2 -C7 2 4 6 1 119.970 562.3296 ;C1 -C6 -C5 4 6 8 1 119.970 562.3296 ;C6 -C5 -C4 6 8 10 1 119.970 562.3296 ;C5 -C4 -C3 8 10 11 1 119.970 562.3296 ;C4 -C3 -C10 10 11 13 1 119.970 562.3296 ;C3 -C10 -C9 10 1 16 1 119.970 562.3296 ;C3 -C2 -C7 11 13 15 1 119.970 562.3296 ;C10 -C9 -C8 13 15 16 1 119.970 562.3296 ;C9 -C8 -C7 13 15 23 1 119.970 562.3296 ;C9 -C8 -C11 15 16 17 1 119.970 562.3296 ;C8 -C7 -C14 15 23 21 1 119.970 562.3296 ;C8 -C11 -C12 16 15 23 1 119.970 562.3296 ;C7 -C8 -C11 16 17 19 1 119.970 562.3296 ;C7 -C14 -C13 17 19 21 1 119.970 562.3296 ;C14 -C13 -C12 19 21 23 1 119.970 562.3296 ;C13 -C12 -C11 1 2 3 1 120.010 405.8480 ;C2 -C1 -H10 2 4 5 1 120.010 405.8480 ;C1 -C6 -H8 3 2 4 1 120.010 405.8480 ;H10 -C1 -C6 4 6 7 1 120.010 405.8480 ;C6 -C5 -H7 5 4 6 1 120.010 405.8480 ;H8 -C6 -C5 6 8 9 1 120.010 405.8480 ;C5 -C4 -H9 7 6 8 1 120.010 405.8480 ;H7 -C5 -C4 9 8 10 1 120.010 405.8480 ;H9 -C4 -C3 10 11 12 1 120.010 405.8480 ;C3 -C10 -H6 11 13 14 1 120.010 405.8480 ;C10 -C9 -H5 12 11 13 1 120.010 405.8480 ;H6 -C10 -C9 14 13 15 1 120.010 405.8480 ;H5 -C9 -C8 15 23 24 1 120.010 405.8480 ;C8 -C11 -H4 16 17 18 1 120.010 405.8480 ;C7 -C14 -H1 17 19 20 1 120.010 405.8480 ;C14 -C13 -H2 18 17 19 1 120.010 405.8480 ;H1 -C14 -C13 19 21 22 1 120.010 405.8480 ;C13 -C12 -H3 20 19 21 1 120.010 405.8480 ;H2 -C13 -C12 21 23 24 1 120.010 405.8480 ;C12 -C11 -H4 22 21 23 1 120.010 405.8480 ;H3 -C12 -C11 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct phi0 cp mult 1 2 4 6 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C1 -C6 -C5 1 10 8 6 1 180.000 15.167 2 ;eg C2 -C3 -C4 -C5 1 10 11 13 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C3 -C10 -C9 1 16 15 13 1 180.000 15.167 2 ;eg C2 -C7 -C8 -C9 1 16 15 23 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C7 -C8 -C11 1 16 17 19 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C7 -C14 -C13 2 1 10 8 1 180.000 15.167 2 ; C1 -C2 -C3 -C4 2 1 10 11 1 180.000 15.167 2 ; C1 -C2 -C3 -C10 2 1 16 15 1 180.000 15.167 2 ; C1 -C2 -C7 -C8 2 1 16 17 1 180.000 15.167 2 ; C1 -C2 -C7 -C14 2 4 6 8 1 180.000 15.167 2 ;eg C1 -C6 -C5 -C4 10 1 2 4 1 180.000 15.167 2 ; C3 -C2 -C1 -C6 16 1 2 4 1 180.000 15.167 2 ; C7 -C2 -C1 -C6 4 6 8 10 1 180.000 15.167 2 ;eg C6 -C5 -C4 -C3 6 8 10 11 1 180.000 15.167 2 ; C5 -C4 -C3 -C10 8 10 11 13 1 180.000 15.167 2 ; C4 -C3 -C10 -C9 16 1 10 8 1 180.000 15.167 2 ; C7 -C2 -C3 -C4 10 11 13 15 1 180.000 15.167 2 ; C3 -C10 -C9 -C8 10 1 16 15 1 180.000 15.167 2 ;eg C3 -C2 -C7 -C8 10 1 16 17 1 180.000 15.167 2 ; C3 -C2 -C7 -C14 16 1 10 11 1 180.000 15.167 2 ; C7 -C2 -C3 -C10 11 13 15 16 1 180.000 15.167 2 ;eg C10 -C9 -C8 -C7 11 13 15 23 1 180.000 15.167 2 ; C10 -C9 -C8 -C11 13 15 16 17 1 180.000 15.167 2 ; C9 -C8 -C7 -C14 13 15 23 21 1 180.000 15.167 2 ; C9 -C8 -C11 -C12 15 16 17 19 1 180.000 15.167 2 ; C8 -C7 -C14 -C13 15 23 21 19 1 180.000 15.167 2 ;eg C8 -C11 -C12 -C13 16 15 23 21 1 180.000 15.167 2 ; C7 -C8 -C11 -C12 16 17 19 21 1 180.000 15.167 2 ;eg C7 -C14 -C13 -C12 17 16 15 23 1 180.000 15.167 2 ; C14 -C7 -C8 -C11 17 19 21 23 1 180.000 15.167 2 ;eg C14 -C13 -C12 -C11 1 2 4 5 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C1 -C6 -H8 1 10 8 9 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C3 -C4 -H9 1 10 11 12 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C3 -C10 -H6 1 16 17 18 1 180.000 15.167 2 ; C2 -C7 -C14 -H1 2 4 6 7 1 180.000 15.167 2 ; C1 -C6 -C5 -H7 10 1 2 3 1 180.000 15.167 2 ; C3 -C2 -C1 -H10 16 1 2 3 1 180.000 15.167 2 ; C7 -C2 -C1 -H10 3 2 4 5 1 180.000 15.167 2 ; H10 -C1 -C6 -H8 3 2 4 6 1 180.000 15.167 2 ; H10 -C1 -C6 -C5 4 6 8 9 1 180.000 15.167 2 ; C6 -C5 -C4 -H9 5 4 6 7 1 180.000 15.167 2 ; H8 -C6 -C5 -H7 5 4 6 8 1 180.000 15.167 2 ; H8 -C6 -C5 -C4 7 6 8 9 1 180.000 15.167 2 ; H7 -C5 -C4 -H9 7 6 8 10 1 180.000 15.167 2 ; H7 -C5 -C4 -C3 8 10 11 12 1 180.000 15.167 2 ; C4 -C3 -C10 -H6 9 8 10 11 1 180.000 15.167 2 ; H9 -C4 -C3 -C10 10 11 13 14 1 180.000 15.167 2 ; C3 -C10 -C9 -H5 12 11 13 14 1 180.000 15.167 2 ; H6 -C10 -C9 -H5 12 11 13 15 1 180.000 15.167 2 ; H6 -C10 -C9 -C8 13 15 23 24 1 180.000 15.167 2 ; C9 -C8 -C11 -H4 14 13 15 16 1 180.000 15.167 2 ; H5 -C9 -C8 -C7 14 13 15 23 1 180.000 15.167 2 ; H5 -C9 -C8 -C11 15 16 17 18 1 180.000 15.167 2 ; C8 -C7 -C14 -H1 15 23 21 22 1 180.000 15.167 2 ; C8 -C11 -C12 -H3 16 15 23 24 1 180.000 15.167 2 ; C7 -C8 -C11 -H4 16 17 19 20 1 180.000 15.167 2 ; C7 -C14 -C13 -H2 17 19 21 22 1 180.000 15.167 2 ; C14 -C13 -C12 -H3 18 17 19 20 1 180.000 15.167 2 ; H1 -C14 -C13 -H2 18 17 19 21 1 180.000 15.167 2 ; H1 -C14 -C13 -C12 19 21 23 24 1 180.000 15.167 2 ; C13 -C12 -C11 -H4 20 19 21 22 1 180.000 15.167 2 ; H2 -C13 -C12 -H3 20 19 21 23 1 180.000 15.167 2 ; H2 -C13 -C12 -C11 22 21 23 24 1 180.000 15.167 2 ; H3 -C12 -C11 -H4 [ moleculetype] ; name nrexcl XX 1 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass 1 W 1 XX W 1 0.000000 1500.0000 W [ system ] ; title from amber topology phenanthrene v SPCE [ molecules ] ; molecule name nr. SOL 430 phe 1 XX 1